Oltre ai temi della Trinità e della luce, è il ragionamento sull'idea di Chiesa che viene posto da Portoghesi alla base della soluzione avvolgente dell'assemblea e della forma complessa dell'edificio . Alla domanda su come possa essere costruita una "casa di Dio", l'architetto risponde con la scelta di realizzare la casa di Dio «come casa degli uomini, come luogo in cui si raccoglie la comunità e in cui esiste l'immagine di Dio, in quanto esiste all'interno dell'esperienza di ciascuno che crede» (Portoghesi 2005, p. 41). Il tema è stato recentemente ripreso da Portoghesi in occasione del ritorno alla progettazione di chiese cattoliche, a trent'anni dalla chiesa di Salerno: «L'edificio della chiesa è, in realtà, una casa delle case del Signore, perché secondo l'indicazione comune ai due apostoli Pietro e Paolo il tempio vero della religione cristiana non sono gli edifici, ma sono le persone: questo tempio fatto di pietre viventi altro non è che la comunità di coloro che si riuniscono in memoria di Cristo» (Portoghesi 2007, p. 79). A evitare un fraintendimento di tipo "orizzontalista" o "assembleare" – esecrato da Portoghesi stesso in molti suoi scritti recenti critici sul post-concilio – interviene l'apertura all'ulteriorità, alla trascendenza, in questo caso rappresentata dalla fonte di luce sopra la mensa d'altare . Un elemento certamente anomalo rispetto alla tradizione cristiana è l'assenza di un asse prospettico o simmetrico (riproposto invece nei progetti recenti di Portoghesi): il progettista pare intendere lo spazio prospettico come fondato su una concezione di spazio individualista, e per questo ne prende le distanze, favorendo uno spazio «conoscibile come sommatoria delle infinite esperienze soggettive dello spazio proprie di tutti gli esseri viventi» (Vinca 1970, p. 4).