L' "organismo" della chiesa – così definibile per la natura viva di "spazio pulsante" – scaturisce da sei poli a matrice circolare, modellati e interpenetrati per creare uno spazio accogliente per l'assemblea celebrante e per articolare, differenziandoli, i fuochi liturgici . Tre poli generatori irradiano la struttura di copertura, ossia le tre grandi volte gradonate che si incontrano sopra l'altare; gli altri tre poli si innalzano sopra l'aula, quasi come "dighe" a contenere e orientare la forza generatrice dei primi tre. Le tre volte sono definite metaforicamente da Portoghesi stesso (1974, p. 138) come tre alberi giganteschi, simbolo delle tre persone della Trinità, che si innestano una nell'altra andando a costituire una realtà unica nell'oculo luminoso della cupola centrale.