Per la cura pastorale delle aree rurali tra Foligno e Assisi, nel 1957 viene eretta dal vescovo di Foligno, mons. Siro Silvestri, la parrocchia di Santa Croce a Limiti, frazione nella pianura tra Spello e Cannara. Il terreno viene acquistato dalla Confraternita del Crocifisso, da cui derivano la denominazione della parrocchia e la dedicazione della futura chiesa; importante anche il nesso con l'abbazia medievale di Santa Croce a Sassovivo, a pochi chilometri da Foligno.

La pianura ai piedi di Spello, solcata dai fiumi Topino e Clitunno, è un'area rurale  coltivata da aziende prevalentemente familiari, insediate in piccoli nuclei e borgate. Negli anni Cinquanta, al momento della fondazione della parrocchia, la popolazione conduceva una vita ancora molto isolata ed essenziale, legata al ritmo del lavoro manuale nei campi, con dinamiche di spopolamento e di abbandono dell'attività agricola e degli insediamenti tradizionali. Il complesso parrocchiale si proponeva quindi di essere non solo centro pastorale, ma anche luogo di promozione umana e di formazione: l'affidamento della parrocchia alla comunità religiosa dei piccoli fratelli di Jesus Caritas sottolinea tale opzione pastorale e culturale, segnando anche le scelte architettoniche relative alla chiesa e agli edifici comunitari annessi. Per valutare la vivacità del contesto ecclesiale, si deve anche considerare che a Spello opera negli stessi anni un altro ramo della famiglia spirituale di Charles de Foucauld, ossia i "Piccoli fratelli del Vangelo" insediati nel convento di San Girolamo, presso cui dal 1965 si stabilisce fratel Carlo Carretto (1910-1988), ritornato dopo 10 anni dal deserto del Sahara.

L'impianto "a ventaglio" dell'assemblea, focalizzata sull'altare, modella l'architettura e la struttura della chiesa, con una soluzione  che nei primi anni Sessanta è pionieristica, e che solo nel post-concilio si affermerà come "tipo" edilizio. I fedeli sono raccolti sotto un'unica ampia falda triangolare, innalzata verso il presbiterio e adagiata, "radicata alla terra" (Vindigni 1972), sul lungo muro posto alle spalle dell'assemblea. Gli schemi avvolgenti presentati nei due concorsi (di Ascoli e Cattolica) sono qui semplificati, grazie a un impianto di grande essenzialità e chiarezza.

Le intuizioni iniziali si sono attuate con tempi lunghi, accompagnando il cammino della comunità.

L'illuminazione naturale è l'elemento fondamentale dell'architettura della chiesa: le travi della copertura convogliano dal basso la luce, che penetra nell'aula grazie alla lunga apertura continua orizzontale che segna la parete verso il sagrato. La modellazione del muro laterale consente invece modulazioni e variazioni della luce , che rendono riconoscibile la parete orientale e che aggettivano con luminosità propria l'ambone, la sede del presidente, lo spazio dell'organo e della schola. Il battistero, con il suo spazio cuneiforme proteso verso l'esterno, ha fonti di luce radente, specificamente studiate per dare risalto all'acqua e – ora – alle sculture ceramiche.

La vita della parrocchia e l'attività della comunità religiosa hanno costituito, nei decenni, un intreccio di relazioni e di iniziative che hanno trovato spazi accoglienti nell'architettura del complesso. Il cuore dell'insieme è il sagrato, aperto verso l'asse viario principale della frazione, attorno a cui si raccolgono la chiesa, il salone parrocchiale, la casa di abitazione della comunità e le opere pastorali [26]. La "dimensione umana" del contesto e del crocicchio di campagna viene prolungata nel cuore del complesso parrocchiale, che non isola la chiesa, ma la integra in una trama di relazioni (Vindigni 1973).

Il rispetto per il contesto rurale, per le linee del paesaggio e per i materiali tradizionali – carattere saliente della cultura architettonica di Antonelli – si declina dunque con le specificità dei luoghi liturgici e con le esigenze della vita comunitaria: la fedeltà alla propria terra e la fedeltà alla liturgia sono vissuti come elementi concorrenti alla definizione di un'architettura in armonia con il contesto. Antonelli, peraltro, conosce il territorio di Spello in modo non superficiale né ingenuo, avendo redatto per il comune sia il primo piano di fabbricazione, sia il piano particolareggiato per il centro storico (con Sergio Lenci).

Come sopra accennato, le intuizioni e le indicazioni iniziali del progettista hanno consentito ai committenti di far crescere la comunità in spazi adeguati, giocati sulla dialettica tra elementi saldi, invariati (quali l'impianto a ventaglio dell'assemblea e la centralità dell'altare), e la possibilità di crescita e di adattamento alle esigenze celebrative e pastorali (modellazione della cappella eucaristica, completamento del programma iconografico, trasformazioni degli spazi annessi).