La sessione autunnale del Consiglio Permanente si è svolta a Roma dal 18 al 20 settembre, presso la sede della Conferenza Episcopale. I vescovi hanno inviato un telegramma di solidarietà e affetto al Santo Padre Benedetto XVI, a seguito delle ingiustificate reazioni che hanno fatto seguito alla lezione su fede e ragione da lui tenuta all’Università di Regensburg. Al centro dei lavori, il prossimo 4° Convegno Ecclesiale nazionale (Verona, 16-20 ottobre 2006) e una approfondita riflessione su Caritas Italiana e Caritas diocesane alla luce dell’Enciclica Deus caritas est. 
Tra gli altri argomenti trattati, vanno ricordati: l’approvazione del Messaggio per la Giornata per la Vita  per l’anno 2007; una prima riflessione sul Congresso Eucaristico nazionale, la cui celebrazione è stata fissata per il 2011; l’approvazione del tema e delle modalità di svolgimento della 45ª Settimana Sociale dei Cattolici Italiani, che si terrà a Pistoia e Pisa dal 18 al 21 ottobre del 2007. 
I vescovi, inoltre, hanno rivolto un particolare e affettuoso saluto al Card. Tarcisio Bertone, già membro del Consiglio Permanente, che dal 15 settembre è stato chiamato da Benedetto XVI ad assumere l’incarico di Segretario di Stato.