La chiesa di Maria Regina è l’esito di uno dei tre concorsi nazionali di progettazione a due livelli, banditi dall’Arcidiocesi di Milano nel 1989 nell’ambito del cosiddetto “Piano Montini” per 25 nuovi complessi parrocchiali, promosso dal card. Carlo Maria Martini. Il bando chiede il progetto di chiesa, abitazione del parroco, uffici parrocchiali, 6 aule di catechismo, sala per 90 persone in riunione, locale ritrovo terza età e campo di gioco, in sostituzione di un primo centro pastorale provvisorio; si prevede che il nuovo complesso sia organizzato in due lotti, separati da via Friuli: uno stretto e allungato, inserito in un parcellare fitto a media densità edilizia (villette e strutture artigianali) e affacciato sull’asse alberato di via Brianza; l’altro lotto (destinato soprattutto all’oratorio) fa parte di un ampio spazio aperto in margine all’edificato, in una zona destinata all’espansione dell’urbanizzazione (residenziale e commerciale), oltre via Friuli.
Alla prima fase concorsuale vengono presentati 104 progetti, di cui 4 sono ammessi alla seconda fase. Tra la prima e la seconda fase i gruppi selezionati sono invitati al dialogo con la Commissione e con la comunità parrocchiale. Dopo l’approfondimento e la rielaborazione del progetto, viene proclamato vincitore il gruppo Contini-Bernardi-Ghillani, che riceve l’incarico per la progettazione definitiva.
A seguito di una permuta di terreni con l’amministrazione comunale, la parrocchia può accorpare le superfici utilizzabili, concentrando il nuovo complesso nell’ampio spazio oltre via Friuli; il lotto settentrionale viene invece interamente destinato a piazza, giardino e parcheggio.
Il progetto esecutivo, che si deve adeguare alla nuova configurazione urbanistica, e il cantiere si sviluppano dal 1995, sotto la guida pastorale di don Roberto Gatti. La chiesa è dedicata nel 2000 dall’arcivescovo di Milano, il card. Carlo Maria Martini.
Dal 1° settembre 2009 la parrocchia Maria regina fa parte della comunità pastorale Maria regina degli apostoli, comprendente anche la parrocchia centrale di Varedo.