Per la cura pastorale delle aree rurali tra Foligno e Assisi, nel 1957 viene eretta dal vescovo di Foligno, mons. Siro Silvestri, la parrocchia di Santa Croce a Limiti, frazione nella pianura tra Spello e Cannara. Il terreno viene acquistato dalla Confraternita del Crocifisso, da cui derivano la denominazione della parrocchia e la dedicazione della futura chiesa; importante anche il nesso con l‘abbazia medievale di Santa Croce a Sassovivo, a pochi chilometri da Foligno.
 
Primo parroco di Limiti è don Venanzo Peppoloni (1960-1969), che nel 1962 intraprende il percorso di progettazione e costruzione del centro parrocchiale. L‘incarico viene dato a Franco Antonelli, giovane architetto folignate, ritornato a operare nei suoi territori di origine dopo la formazione universitaria e l‘avvio alla professione a Roma; il cantiere viene tuttavia presto sospeso per mancanza di risorse economiche.
Dal 1969 cominciano ad operare presso la frazione i "Piccoli fratelli della Comunità Jesus Caritas", fondata da Gian Carlo Sibilia e Piero Saffirio; tale esperienza, ai suoi inizi (1967), fa parte della famiglia spirituale che si ispira al messaggio del beato Charles De Foucauld (1858-1916), sottolineando tuttavia un aspetto pastorale specifico: "incarnare il messaggio di fraternità nella realtà ecclesiale locale, in una istituzione tradizionale come la parrocchia, in mezzo alla gente del posto con la quale si va a vivere e condividere" (Giuliano Pergolesi), associando così l‘esperienza monastica con la vita pastorale parrocchiale.
Il 25 ottobre 1970 Gian Carlo Sibilia viene ordinato presbitero da mons. Siro Silvestri, nella chiesa che è ancora un cantiere. La parrocchia, affidata alla cura del prete novello, diventa sede della fraternità religiosa, che condivide quotidianamente l‘esperienza del lavoro dei campi e la vita dei suoi fedeli.
La "costruzione" della comunità accompagna la ripresa della costruzione del complesso parrocchiale: Franco Antonelli, che nel frattempo aveva continuato a dimostrare una particolare sensibilità professionale verso la vita ecclesiale e liturgica, viene nuovamente coinvolto nell‘attività edilizia, seppur ridimensionata rispetto al progetto iniziale. Il cantiere si avvale di un contributo governativo nella forma dei "cantieri scuola" e, soprattutto, è animato dall‘azione di tanti volontari, sia locali, sia provenienti da varie realtà ecclesiali italiane. La chiesa viene consacrata dal vescovo mons. Giovanni Benedetti il 26 marzo 1982.