Il giorno dell‘inaugurazione, Portoghesi sottolineava: «E‘ una chiesa disadorna in cui non ci sono arredamenti vistosi che possano attrarre l‘attenzione. La ricchezza delle immagini è tutta ottenuta attraverso il lavoro delle mani umane e attraverso l‘evocazione di questo elemento inafferrabile che è la luce» (Portoghesi 2005, p. 42). La scelta aniconica fa dunque parte dei presupposti del progetto, che affida il proprio messaggio iconografico principale alle mani sapienti e pazienti dei carpentieri navali del porto di Salerno, individuati come unica maestranza possibile in grado di realizzare le casseforme cilindriche gradonate delle volte e delle pareti d‘ambito, capolavoro della modellazione del calcestruzzo armato.
 
L‘iconografia trinitaria della struttura è tuttavia esplicita. Le tre grandi volte, diverse tra loro e compenetrate, esprimono il mistero delle tre persone della Trinità, commentato anche dai colori delle vetrate laterali: il verde e l‘azzurro per ricordare la creazione, sotto l‘ampio ombrello della volta del Padre; il giallo e il bianco per il calore dell‘Eucarestia e dello Spirito, in continuità con le volte del tabernacolo e dell‘epiclesi sopra la mensa.
Restando all‘iconografia architettonica, il tema della Sacra Famiglia, cui è dedicata la chiesa, è richiamato dalle due rampe di accesso  , che avvolgono come un abbraccio familiare  l‘assemblea raccolta per celebrare (Norberg-Schulz 1975, p. 77).
L‘altare è l‘unico elemento che non segue la forma circolare della pianta, segnando anche il tal modo la propria alterità: è tuttavia sostenuto da elementi che richiamano il tema formale della gradonatura delle volte, ossia un basamento a clessidra e un podio circolare. La realizzazione del tabernacolo, cuore plastico della cappella del Santissimo, è affidata all‘artista di fama internazionale Sinisca (Mimmo Siniscalchi) : le "fiamme" di ottone martellato richiamano il tema della fiamma accesa che riscalda i credenti e li orienta verso l‘alto, ripreso nei leggii per la sede e per l‘altare, nei porta-candele e nel porta-cero pasquale. Un altro tema iconografico interessante è dato dalle "gocce" della Parola, che scendono a irrorare la terra: come la luce piove dall‘alto, così le gocce diedriche di calcestruzzo sembrano colare dalle pareti. Il tema è stato recentemente citato nel leggio allestito sul nuovo ambone. Completano il programma iconografico i poli devozionali per la Vergine, recentemente ricollocata nel quadro del riassetto dello spazio presbiteriale, per il Sacro Cuore di Gesù e per il Beato Cesare de Bus, fondatore dei Padri Dottrinari, disposti con spazi e supporti coerenti con l‘assetto geometrico e celebrativo dell‘edificio.