L‘assetto liturgico viene definito tra marzo e novembre 1964, ossia durante le prime fasi di dibattito sulla ricezione della costituzione conciliare sulla liturgia Sacrosanctum Concilium (4 dicembre 1963), attentamente seguite da Ponti nel loro sviluppo.
Il presbiterio è il punto focale della bassa navata, ma può essere al tempo stesso circondato dall‘assemblea: se nell‘aula trovano posto quasi ottocento fedeli seduti, più di duecento possono essere collocati nello spazio oltre l‘altare, su cui si affacciano anche il coro e quattro logge laterali. I seggi absidali si prestano anche all‘utilizzo per le grandi concelebrazioni . La pedana presbiteriale è sopraelevata di alcuni gradini, per favorire la visibilità dell‘altare dalla navata, disposta in leggera pendenza.
L‘altare è collocato nella zona più luminosa della chiesa, grazie al pozzo di luce del tiburio. È realizzato in calcestruzzo ed è rivestito frontalmente da una lamina di rame; la rastrematura della base sottolinea la monumentalità della mensa.
Verso l‘assemblea si protendono due amboni: le prime interpretazioni postconciliari non avevano infatti ancora focalizzato l‘unicità dal luogo della Parola, pur prevedendo già unidonea posizione di raccordo tra presbiterio e navata. Lambiguità dellambone duplice è stata risolta con la sottolineatura decorativa di uno dei due manufatti.
Un‘animata discussione tra Ponti, l‘IIAL e la PCCASI ha riguardato la posizione della cattedra episcopale: il progettista preferiva la collocazione laterale, in cui il vescovo può stabilire una relazione diretta sia con l‘assemblea sia con l‘altare, mentre in una prima ipotesi le istituzioni si erano espresse per la posizione assiale (ora sconsigliata), che avrebbe tuttavia comportato la necessità di una forte sopraelevazione della cattedra e una decisa separazione dall‘assemblea (Torricella 2004, pp. 15 e 70). La cattedra è stata infine realizzata a sinistra dell‘altare, affiancata da quattro seggi; sul lato opposto trovano spazio gli stalli per i canonici della cattedrale. Al fondo, la sede per il presidente non vescovo, affiancata da solo due seggi. Diversamente dalle sedi realizzate nelle chiese milanesi, Ponti non utilizza il tubolare metallico (Zanzottera 2005, p. 91), ma semplici pannelli in truciolato verniciato, con schienali piani cuspidati.
Lo spazio per il battesimo è nella cappella laterale destra, a fianco dell‘ingresso laterale e in relazione con l‘assemblea. Le cappelle per l‘adorazione del Santissimo e per la devozione mariana sono invece a stretto contatto con il presbiterio, quasi a formare un transetto. Gli spazi per il sacramento della penitenza sono allestiti nelle navate laterali, nella parte più prossima all‘area di ingresso. Larea di accesso è protetta da una bussola vetrata, su cui è disponibile una tribuna per il coro e per laccesso alla loggia in facciata.
In estrema sintesi, Ponti propone una forma chiusa e compatta per l‘assemblea, come nelle altre sue chiese, in cui le altre funzioni liturgiche e devozionali sono ospitate in corpi esterni (Spinelli 2005, p. 75), e in cui la distribuzione è risolta con le basse navate laterali. Ponti è consapevole che il suo impianto liturgico, per quanto aggiornato ai temi del concilio, trova la sua forza non nella pianta, ma nel complesso spaziale: "è la mia stessa pianta, la mia pianta di sempre, che si alza si sveglia alzati e cammina non essere più una bara" (lettera a Motolese 25 settembre 1964, in Torricella 2004, p. 22).
La cripta, allestita sotto la parte presbiteriale e absidale della chiesa, è collegata alle navate laterali ma è dotata anche di accessi esterni autonomi, assolvendo la funzione sia di cappella feriale, sia di vera e propria chiesa parrocchiale . Per tale ragione sono duplicati alcuni luoghi liturgici, come i confessionali (anche in questo caso integrati nell‘architettura) e il battistero. A tale proposito è interessante il dibattito sulla posizione del fonte (in una prima ipotesi semovente, poi - correttamente - fisso) e sull‘assetto processionale del rito battesimale (in Torricella 2004, pp. 96-98 e 115). Nella cripta è sepolto larcivescovo promotore, mons. Motulese.