Scrive Ponti all‘arcivescovo nel marzo 1966: "Io ho lavorato proprio sull‘intendimento che Le enuncio: un‘architettura semplice, che abbia un fascino intrinseco, e tutta questa mia architettura è ispirata a questa espressione a dire il vero può fare senza opere d‘arte, e se essa poi mi riuscirà una vera opera d‘arte (preghiamo Iddio!) potrà anche fare senza per sempre" (in Torricella 2004, p. 54). Il ruolo di regia del progetto iconografico sarebbe spettato allo IIAL, con cui Ponti tuttavia intrattiene un rapporto dialettico, preferendo discutere le diverse soluzioni direttamente con l‘arcivescovo. Oltre all‘approccio aniconico sopra esposto, troviamo momenti in cui si propende per l‘utilizzo della Parola scritta o, all‘opposto, per un‘abbondante arte figurativa popolare. Sulla parete di fondo si arriva a prevedere una galleria di santi, in particolare i santi patroni delle diocesi pugliesi, ma è l‘arcivescovo stesso che blocca l‘ipotesi, che avrebbe avuto implicazioni "giurisdizionali" nei confronti delle altre Chiese locali della regione. Ponti scarta invece l‘ipotesi di una teoria di angeli, troppo lontana dalla concreta realtà dei fedeli. Ponti avrebbe acconsentito all‘inserimento o di opere di grandi artisti, o di artigiani radicati nella devozione popolare, preferendo un‘arte "religiosa" a un‘arte "sacra" (Ponti 1951; Campiglio 2004, pp. 64-65): "La cattedrale sarà già un‘opera d‘arte di per sé, tutta, e potrà avere la sua consacrazione figurativa solo attraverso poche opere d‘arte degne di essa e per vero valore d‘artista e per sincero calore in umiltà di figuratori" (lettera a Motolese, in Torricella 2004, p. 27). Alla fine, per le irrisolte tensioni e per l‘accelerazione della chiusura dell‘opera, è però Ponti stesso che dipinge la Vergine annunziata e l‘angelo, collocati nella parete absidale, modulata solo dalle aperture della cantoria e da campiture colorate, secondo tonalità stabilite direttamente in opera. Sotto l‘Annunciazione, è collocata la croce in legno, inizialmente prevista nuda per sottolineare la crudezza dello strumento di supplizio. Il tema mariano è ripreso dalla Madonna del Mantello (Campiglio 2004, pp. 61, 66), scultura bronzea di Ettore Calvelli su disegno di Ponti, nata nel 1944 come preghiera collettiva rivolta al futuro, con laffidamento a Dio della storia umana (raffigurata nel mantello); lopera è donata da Ponti. Due manufatti singolari segnano, come esili quinte, lo spazio dell‘altare, quasi a rievocare un ciborio di luce o una linea di demarcazione sacrale: due colonne in calcestruzzo affiancano la mensa e si protendono nel tiburio, sormontate da "ancore-croci", simbolo del sacrificio e dell‘approdo alla salvezza. Gli arredi liturgici, le suppellettili e i corpi illuminanti del presbiterio sono realizzati dalla scuola d‘arte sacra "Beato Angelico" di Milano, con cui Ponti aveva già precedentemente stabilito un sodalizio stabile. Il fonte battesimale ha forma sferica ed è inserito in un esile ciborio metallico, affiancato dal porta-cero pasquale. In posizione speculare alla cappella battesimale è collocata la cappella dedicata alla memoria dei marinai caduti durante la II Guerra Mondiale. Il gruppo scultoreo di croce, ancora e timone è realizzato dalle officine dei cantieri dell‘Arsenale militare.